Instalar paquetes necesarios:
$ apt-get install kernel-package quilt autoconf automake libtool libncurses5-dev pkg-config checkinstall build-essential module-assistant

Bajar el kernel y descomprimirlo:
$ cd /usr/src
$ wget http://www.kernel.org/pub/linux/kernel/v2.6/linux-2.6.30.1.tar.bz2
$ tar -jvxf linux-2.6.30.1.tar.bz2

Configurar las opciones del nuevo kernel:
$ mv linux-2.6.30.1 linux
$ make menuconfig

Coger las opciones anteriores del kernel:
$ cp /boot/config-`uname -r` .config

Compilamos el kernel y creamo los .deb:
$ make-kpkg clean
$ make-kpkg –append-to-version=-compiled_kernel –initrd kernel-image kernel-headers kernel-source

Instalamos los .deb
$ dpkg -i *.deb

Acordaos de cambiar las cosas que veáis oportunas a vuestro parecer, como el nombre del kernel, la versión, etc… También tener en cuenta de que si configurais los módulos del kernel a mano, no copies la configuración anterior (a no ser que sea la misma) ya que si no, la sobrescribiría